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Den physikalischen Aufbau des Sensors berücksichtigt der Füllfaktor. Er gibt an, wie viel der gesamten Sensorfläche überhaupt lichtempfindlich ist. Dieser Wert ist stark vom Sensortyp abhängig. So haben Frame-Transfer- und Full-Frame-CCDs nahezu 100% Füllfaktor. Interline-CCDs (im Machine-Vision und Video-Bereich üblich) liegen bei etwa 20%. Bei CMOS-Sensoren sieht es meist noch schlechter aus, da in dem Pixel selber noch einige Transistoren untergebracht sind.

Leider ist der Füllfaktor bei CMOS-Sensoren schlechter, je mehr sie können. So hat ein Passive-Pixel-CMOS-Sensor mit Rolling-Shutter nur einen Transistor im Pixel und damit noch einen recht hohen Füllfaktor. Ein Aktive-Pixel-CMOS-Sensor mit Pipelined-Global-Shutter (kann belichten während ausgelesen wird) hat sechs Transistoren im Pixel untergebracht, was den Füllfaktor drastisch senkt. Um diesen Nachteil möglichst gut auszugleichen, sind Mikrolinsen auf den Pixeln aufgebracht, die Fotonen, die außerhalb des lichtempfindlichen Bereiches auftreffen in die Pixel lenken sollen. So lässt sich der Füllfaktor dann wieder auf Werte um 80% steigern. Zu beachten ist noch, dass sich die Quanteneffizienz bei kleineren Einfallswinkeln verschlechtert (kleinere Blendenzahl), weil die Mikrolinsen das Licht dann eher aus den Pixeln herausbrechen, als hinein.
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